Prototype is een spel dat nog het best te vergelijken is als een mix tussen Crackdown en The Darkness. Aan de ene kant is het een free-roaming game, waarin je de controle over New York kunt nemen, maar aan de andere kant ben je een wezen met bijzondere krachten. Deze krachten kun je goed gebruiken, want New York is door een gevaarlijk virus overgenomen door enge mutanten. Om weerstand te bieden tegen je vijanden kun jij de krachten van je tegenstanders in je op nemen en zelfs hun vorm overnemen.