Hoofdpersoon Alex Mercer staat voor een raadsel. Hij heeft namelijk geen idee waar zijn nogal lugubere krachten vandaan komen. Wel blijkt snel dat men zijn aanwezigheid kennelijk niet op prijs stelt. Daarom zet Alex zijn krachten in om te ontkomen en daarnaast de waarheid achter zijn persoon te ontrafelen.

Prototype verschijnt dit jaar nog voor de pc, Playstation 3 en Xbox 360. In het onderstaande filmpje krijgen we te zijn waar Alex toe in staat is. Met zijn krachten brengt hij dood en verderf aan zijn tegenstanders om te overleven en kan hij zelfs in de huid kruipen van mensen. Letterlijk...