Gamers vechten een hopeloze strijd. Want nadat zij in ál die games ál die hordes Duitsers hebben verslagen, staan de monsters, aliens en ander gemuteerd gespuis al in de wachtrij om gamers naar de eeuwige savegame velden te helpen. Zo ook in BlackSite: Area 51 waar diverse moordlustige wezens de spelers naar het leven staan. Hieronder zie je in welke vreemdsoortige oorlog de hoofdrolspeler van dit spel verwikkeld raakt.