Zoals al eerder genoemd zal je als speler in Yager de rol van Magnus Tide op je nemen. Deze freelancer, die zichzelf als een fantastisch piloot ziet, werkt voor de Proteus corporation totdat hij op een dag een klusje verknalt. Dit kost hem zijn schip, zijn werk en ook zijn vriendin Sarah, die hem verlaat omdat haar carrière dankzij zijn prutswerk naar de knoppen lijkt te zijn. Omdat hij verder weinig anders kan, schraapt Magnus zijn laatste spaarcenten bij elkaar om een nieuw schip te kopen; de Sagittarius. Met dit dodelijke schip doet Tide een laatste poging om succesvol te worden.
Om de een of andere reden blijkt Proteus hem toch weer in te willen huren en lijkt alles prima in orde totdat hij erachter komt wie zijn superieur is: Sarah McDavid. Zijn vroegere vriendin is nog steeds kwaad op Magnus vanwege haar carrière die in puin ligt en is daarom niet van plan om hem een makkelijke tijd te gunnen. Tide laat zich hierdoor niet uit het veld slaan en probeert met zijn uiteraard onweerstaanbare charmes zijn vroegere geliefde terug te winnen en tegelijkertijd de problemen in de wereld op te lo en. Deze problemen beginnen met het verschijnen van piraten, maar breiden zich daarna snel uit tot een groot conflict met de DST corporation, de militaristische aartsvijand van Proteus. Aan Magnus de eer om deze met een Duits accent pratende, humorloze en oorlogszuchtige gekken op hun nummer te zetten.
Qua gameplay valt Yager in het arcade flightsim genre, waarin bijvoorbeeld ook games als Terminal Velocity, Echelon en Crimson Skies vallen. Gezien het uiterlijk en gameplay doet Yager op het eerste gezicht vooral aan Echelon denken: in een futuristisch uitziend toestel gaat de speler allerlei doelwitten te lijf met lasers, raketten, machinegeweren en ander wapentuig. Qua sfeer is Yager echter compleet anders; waar de speler in Echelon niet meer dan een piloot was die zijn orders kreeg heeft Magnus Tide wel degelijk een persoonlijheid en is hij graag bereid om over alles wat hij ziet zijn nogal sarcastische mening te geven. Samen met de komische one-liners die hij er constant uitgooit en zijn onverstoorbare pogingen om Sarah terug te winnen geeft dit Yager een humoristische sfeer, die in de verte enigszins aan Crimson Skies doet denken.
Tijdens de ruim 20 mi ies van Yager zal de speler het grootste gedeelte van de tijd de Sagittarius besturen. Dit schip is uniek in de wereld van Yager, aangezien het twee manieren van vliegen heeft, te weten: de Hover mode en de Jet mode. Indien gebruik wordt gemaakt van de Hover mode zal de Sagittarius stil in de lucht blijven hangen en kan de speler kiezen om met beperkte snelheid vooruit en achteruit te vliegen, alsmede zijwaarts en omhoog te bewegen. Als gevolg hiervan is de Hover mode uitermate geschikt voor precisie manoeuvres, het ophalen van pickups (zoals munitie) en mi ies waarbij stealth een factor speelt. De Jet mode daarentegen is vergelijkbaar met normaal vliegen en zal hoofdzakelijk tijdens de luchtgevechten gebruikt worden. De Sagittarius zal bewapend worden met verschillende wapens, waaronder het standaard laserkanon en de te verwachten raketten. Later zullen hier ook nog een machinegeweer, een napalm kanon en een sniper gun bijkomen en zal de speler tijdens bepaalde mi ies de beschikking hebben over wapens met speciale, niet destructieve, functies. Naast de mi ies in de Sagittarius zullen er ook momenten voorkomen dat de speler zich in een ander toestel bevindt of een vast kanon zal bemannen.