Knights of the Old Republic speelt zich zo'n 4000 jaar voor de gebeurteni en uit de films af. Na de oorlog tegen de Sith Lord Exar Kun zijn zowel de Republiek als de Jedi verzwakt. De Mandalorians, een ras van strijders, maakt gebruik van deze situatie en valt de Republiek aan. Hoewel de oorlog slecht verloopt, weigert de Jedi council in te grijpen. Er zijn echter twee jonge Jedi die zich tegen de wil van de raad in de oorlog melden: Revan en Malak. Samen leiden zij de Republiek naar de overwinning. In plaats van terug te keren als winnaars, verdwijnen de twee met de vloot en wordt er een tijd lang niets meer van ze gehoord. Enkele jaren later keren ze plotseling terug; dit keer niet als helden, maar als leiders van een vloot van de Sith, de eeuwenoude vijand van de Jedi. Revan heeft zichzelf benoemd tot Dark Lord of the Sith, terwijl de zwakkere Malak zich heeft moeten schikken in zijn rol als apprentice.

Met een bijna eindeloze hoeveelheid schepen wordt de Republiek overlopen en lijkt de situatie uitzichtloos; de Jedi weten echter een team aan boord van Revans schip te krijgen, met onder hen de jonge Bastila. Mede dankzij haar Battle Meditation weet het team Revan uit te schakelen. Malak neemt vervolgens de leiding over de Sith vloot over, en hoewel hij niet de tactische vaardigheden van Revan heeft, weet hij door zijn numerieke overmacht de Republiek nog verder terug te drijven. In een poging het tij te keren wordt het schip Endar Spire - met aan boord Bastila - naar het front gestuurd. Onderweg wordt het schip echter door de Sith aangevallen en vernietigd. Bastila weet zich gelukkig van het schip te redden, evenals de oorlogsheld Carth Onasi en een onbekende, maar zeer vaardige soldaat; het personage dat de speler zal besturen. De overlevenden landen op de wereld Taris, waar hun problemen pas echt beginnen. De wereld is bezet door de Sith, die bovendien alle vertrekkende schepen blokkeren. Toch zullen de helden, samen met andere personen die ze ontmoeten, een manier moeten zien te vinden om van Taris te ontkomen, aangezien Bastila met haar Battle Meditation de enige hoop van de Republiek is om Malak te stoppen...