Nam je het in het vorige deel nog op tegen Nikoladze, die wat ongure zaakjes had lopen in Georgië, in Pandora Tomorrow probeer je de snode plannetjes van Suhadi Sadono aan het licht te brengen. Deze keer start je in Indonesië, waar Sadono zich met zijn rebellen verzet tegen de Amerikaanse legertroepen die zich in Oost-Timor gevestigd hebben. Deze Amerikanen zijn bezig een Oost-Timorees leger op te leiden, zodat ze toekomstige problemen in de regio zelf kunnen oplo en. Een aantal corrupte Indonesiërs zien dit als een grote dreiging voor Indonesië en roepen de hulp in van Sadono. Deze gijzelt op zijn beurt iedereen in de Amerikaanse amba ade in Jakarta. Er wordt contact opgenomen met Third Echelon, de organisatie waar Sam Fisher werkzaam is. Sam moet de gijzeling stoppen, maar al spelende merk je dat het niet zomaar een simpele gijzeling is; er is meer aan de hand. Zodoende achtervolg je de rebellenleider naar een aantal uithoeken van de wereld, waaronder een trein die zich met hoge snelheid van Parijs naar Nice begeeft. Uiteraard kennen de meeste van jullie dit level nog uit de demo.
Over de levels gesproken, die zijn nog groter en donkerder dan voorheen. Meer dan ooit zul je Sam's night- en heatvision moeten gebruiken om de donkerste plekjes te verkennen. En het is maar goed ook dat het donker is, want het is wederom noodzaak ongezien te blijven. Een goed voorbeeld is de mi ie in/op de hogesnelheidstrein, hierin zul je je geen enkel alarm kunnen veroorloven. Helaas zijn de levels nog steeds enorm lineair, er is maar één weg door het level heen en die zal en moet je volgen. Nu kun je op sommige plekken bovenlangs en op andere onderdoor, maar gut, dat zijn zulke minuscule verschillen dat die niet eens noemenswaardig zijn. Ik wil verdomme een gebouw op elke mogelijke manier kunnen infiltreren, dus via het dak, via de voordeur of via het riool! Dit is absoluut zonde, aangezien dit één van de weinige kritiekpunten op het eerste deel was. Ook zóu het mogelijk moeten zijn om alle mi ies te halen zonder dat je ook maar één vijand omlegt, maar in de praktijk is dit vrijwel onmogelijk, een aantal van hen staan namelijk op zulke vervelende posities dat je ze wel moet uitschakelen.
Gelukkig zitten er wel een aantal leuke momenten in Pandora Tomorrow, zoals een inventief stuk in het prille begin van de game. Hier moet je juist in het licht blijven aangezien er een badguy met nightvision in een wachttoren staat. Het is even wennen maar toch erg leuk om vervolgens gewoon middenin een lichtstraal van een zoeklicht naar de overkant te lopen, waarna je de beste man van achteren verrast en hem bij zijn strot beetpakt.