Zoals de echte Sonic fans onder jullie wel zullen weten, heeft zo goed als iedere Sonic game tot nu toe nog gedraaid om het verzamelen van de verschillende Chaos Emeralds. Deze magische stenen kunnen namelijk een grote bron van kracht vormen als ze met elkaar gecombineerd worden. En natuurlijk zijn er de nodige slechteriken die wel leuke plannetjes kunnen verzinnen om die grote kracht voor te gebruiken. En ook deze Sonic game is op dit principe geen uitzondering. Dr. Robotnik (die Sonic's leven al sinds de eerste game op de Mega Drive zuur maakt) heeft het namelijk voor elkaar gekregen een wezen aan zijn zijde te krijgen, welke luistert naar de toepasselijke naam Chaos. Dit water monster is met de hulp van Robotnik ontsnapt uit de zogenaamde Master Emerald en nu het monster losgebroken is kan het zichzelf naar een steeds krachtigere vorm transformeren wanneer het één van de zeven Chaos Emeralds absorbeert. Nu is het dus aan Sonic en Tails om eerder dan Dr. Robotnik (of Eggman zoals Sonic hem doorgaans noemt) de verschillende Chaos Emeralds te vinden en zo te voorkomen dat Chaos ooit zijn perfecte vorm bereikt. Dit omvat slechts het Sonic en Tails gedeelte van de game, aangezien er nog enkele andere speelbare characters zijn, welke weer geheel andere missies hebben. Zo is het aan Knuckles om de verschillende delen van de Master Emerald terug te vinden, die volledig verspreid werden nadat Chaos uit het kristal ontsnapte. Welke character je wilt spelen bepaal je aan het begin van de game, waarbij de voortgang van iedere character individueel opgeslagen wordt. Overigens is het in het begin alleen mogelijk om met Sonic te spelen. De overige figuren dien je eerst te unlocken door verder te komen in het verhaal. Deze speelbare figuren zijn: Sonic, Tails, Knuckles, Amy, Big the Cat en E-102 Gamma. Complex lijkt het verhaal dus niet, maar voor een platform game als deze voldoet het ruim aan de eisen.

Het uitvoeren van de verschillende missies gebeurt via verschillende zogenaamde action stages die allen bereikbaar zijn via de zogenaamde adventure fields. De adventure fields kun je het beste vergelijken met het kasteel van Princess Peach uit Super Mario 64, of Delfino Plaza uit Super Mario Sunshine. Ze verbinden dus als het ware de verschillende stages met elkaar, en zorgen er voor dat je later altijd weer terug kunt naar een vorig level om daar bijvoorbeeld nog een extra objective te voltooien. De action stages daarentegen zijn nog het beste te vergelijken met gebruikelijke Sonic levels, alleen ditmaal volledig in drie dimensies. Dit wil overigens per character nog wel eens verschillen. Bij Knuckles bijvoorbeeld lijken ook de action stages redelijk veel op de adventure fields, waarbij je dus alle mogelijke richtingen op kunt, om de verschillende Master Emerald shards te vinden.

Een vluchtige presentatie:

Zoals het een typische Sonic game betaamt, lijkt het hele spel gebouwd te zijn op snelheid. De adventure fields bijvoorbeeld hebben een zeer open structuur en ook de verscheidene action stages kennen veel lange rechte (en soms ook bochtige) stukken waar veel snelheid te maken is. Dit is meteen al een belangrijk verschil met SA2:B, waarbij het door de constante wisseling tussen de verscheidene characters steeds betekende dat alleen de stages van Sonic echt veel snelheid kenden, en dan ook die typische Sonic feel met zich mee droegen. Als je in deze game echter speelt als Sonic of Tails, dan zijn alle action stages ware achtbanen met maar heel erg weinig tussenstops. Hetzelfde geldt ook een beetje voor Amy en Knuckles, hoewel hun stages er wel iets minder op gebouwd lijken te zijn. Zij moeten het dus wat meer hebben van de open adventure fields.

De action stages op zichzelf zijn zeer goed opgebouwd en kennen een erg goede levelstructuur. Bij de Sonic en Tails levels is dit tenminste wel het geval, hoewel het er bij de overige characters nog wel eens aan wil schorten. Dit wekt een beetje de indruk dat de ontwikkelaars zich toch vooral op Sonic gefocust hebben en ze de overige characters er meer als leuke extra's bij gedaan hebben. En dat is toch redelijk zonde. Ook lijkt er kwalitatief nog een groot verschil te zitten tussen de action stages en adventure fields. Waarbij de action stages (waarschijnlijk ook door hun lineaire structuur) toch erg veel sfeer uitstralen en altijd veel afwisseling kennen met veel aankleding, is dit bij de adventure fields veel minder het geval. Deze gebieden zijn over het algemeen namelijk redelijk kaal en sfeerloos en lijken daardoor een beetje snel in elkaar gedraaid te zijn. Dit om de game zodoende net even dat extra gevoel van avontuur mee te kunnen geven. Het heeft echter alleen maar als gevolg dat de adventure fields en action stages gewoon niet goed bij elkaar lijken te passen.