Om het lekkerste voor het laatst te bewaren, beginnen we met het singleplayergedeelte. De opzet van de singleplayermi ies is nog steeds gelijk aan die van de voorloper. Je start de mi ie met een briefing en je kiest je wapenarsenaal, waarna je ter plekke gedropt zal worden en het klusje verder zelf zal moeten klaren. Het verhaal achter de mi ies worden dit maal echter ook door middel van ingame filmpjes weergegeven, waardoor je beter bij het spel betrokken raakt. Een mi ie bestaat vaak uit meerdere opeenvolgende doelen die variëren van het opblazen van bepaalde gebouwen tot het ontmoeten en escorteren van informanten.
Je gaat in SOCOM II nog steeds met een team van vier man op pad, waarbij je zelf altijd de rol van Specter aan zal nemen. Jij behoort samen met Jester tot het alfateam, Wardog van Vandal vormen samen het bètateam. Beide teams kunnen onafhankelijk van elkaar rondlopen, in tegenstelling tot Rainbow Six 3 bijvoorbeeld. Met een uitgebreid aantal commando's kun je het bètateam hun weg wijzen, al brengt dit wel een groot risico met zich mee want wanneer de computergestuurde teammates in een hinderlaag lopen, is het vaak ook gebeurd met ze.
Je zal zelf dus te allen tijde op pad gaan met Jester, die de plaats van Boomer uit het eerste deel heeft ingenomen. Boomer had namelijk te kampen met AI problemen en liep nogal veel voor je voeten – en de makers waren zich hiervan bewust. In de helpfunctie staat namelijk te lezen dat je goed moet opletten dat je niet in de 'line-of-fire' van je teammates gaat staan, en dat dat je toenmalige teammate Boomer fataal is geworden.
Om je teammates te laten doen wat je van ze wil, staat er wederom een uitgebreid aantal commando's tot je beschikking. Deze kunnen opnieuw met je stem worden geactiveerd en de spraakherkenning is wederom erg goed. Mocht het met je vreemde accent dan toch niet lukken, dan kan je altijd nog de commando's via de menu's raadplegen. De meeste mi ies haal je op de gemiddelde moeilijkheidsgraad trouwens wel met het commando 'fire at will', zo nu en dan gevolgd door een 'breach and clear', maar de echte tactici zullen in hun nopjes zijn met de vele strategieën die je uit kunt proberen.
De mi ies in SOCOM II, twaalf in getal, zijn allen erg uitgebreid. Helaas heb je, net als in het origineel, niet de mogelijkheid om halverwege de mi ie je voortgang op te slaan. Vaak bestaan de mi ies echter uit een langdurig makkelijk stuk waar je zonder healthverlies doorheen loopt, gevolgd door een pittiger stuk waarvoor je een aantal pogingen nodig zal hebben. Wanneer je daar sterft, zal je dus steeds het eerste stuk opnieuw moeten spelen. Na een aantal pogingen begint dit aardig op je zenuwen te werken, zeker wanneer je bedenkt dat het spel maar liefst 3 MB van je memorycard opslokt.