De verschillen tu en de PC versie van Rainbow Six 3, Raven Shield, en de consoleversie, zijn enorm. Het enige dat eigenlijk behouden is gebleven, zijn de soort locaties die je zult bezoeken en het achterliggende verhaal. Zo zal je nu nog maar de controle kunnen nemen over één personage, daar waar het in de PC versie nog mogelijk was tu en je squadleden te wi elen. Je overige squadleden kan je slechts eenvoudige commando's geven. Zo kan je ze opdracht geven je te volgen, of juist te blijven staan. Je teamleden naar een bepaalde locatie sturen doe je door er simpelweg met je cro hair naar te kijken en het move-commando te geven.
Je gaat in de meeste mi ies met een drietal teammates op pad, soms zullen het er ook minder zijn. Het is niet mogelijk je team in twee delen op te splitsen, de overige teamleden zullen altijd samen zijn, je kunt hoogstens zelf de benen nemen. Echt geflankeerd aanvallen is er in Rainbow Six 3 op de Playstation 2 dus niet meer bij, al is er nog wel het zulu-commando. Hiermee kan je een opdracht geven dat pas op het teken zulu uitgevoerd mag worden. Na het geven van de opdracht kan je zelf positie kiezen en daarna pas de opdracht uit laten voeren, bijvoorbeeld om een kamer van twee kanten binnen te stormen.
De opbouw van de mi ies in Rainbow Six 3 is een stuk rechtlijniger dan je wellicht van de voorgaande games in de reeks gewend bent. Er is meestal maar één weg door het level, de meeste kamers kennen één ingang en één uitgang, de overige deuren zijn er voor de sier en kunnen niet open. Slechts zelden zal een kamer via meerdere deuren toegankelijk zijn, waardoor het zulu-commando niet echt vaak nuttig zal zijn. Ook de objectives dienen altijd op een vaste volgorde volbracht te worden.
Deze aanpa ingen lijken mi chien wat rigoureus en zullen bij de echte Rainbow Six fans mi chien ook niet echt in goede aarde vallen, maar het maakt het spel wel een stuk toegankelijker voor de minder ervaren spelers. Je hoeft je niet te bekommeren om het plan van aanpak, je loopt gewoon de weg af die de makers voor je uitgestippeld hebben en probeert per kamer de meest voorzichtige benadering te kiezen. Zo is het wel nog steeds mogelijk de deur stapsgewijs open te doen, een element dat in de PC versie al een zeer goede vondst bleek en die men gelukkig niet overboord gegooid heeft. Toch zorgt de rechtlijnige spelopbouw nog wel voor spannende en leuke gameplay. De beperkingen op het gebied van teamformaties en commando's zijn eigenlijk alleen maar positief; het werkt intuïtief en je bent zelden op zoek naar de knop voor een specifiek commando. Daarnaast kan je ook gebruik maken van snelle voice-commando's, mits je uitspraak een beetje netjes is.