In The Two Thrones zijn een aantal nieuwe bewegingen geïntroduceerd voor de gewone prins. The Dark Prince, waarover later meer, kent nog een flink pakket eigen bewegingen. De gewone prins kan nu onder andere gebruik maken van luiken, om daarmee grote diagonale sprongen te maken. Ook nieuw zijn gaten in de muur waar de prins zich aan vast kan klampen, door er zijn mes in te steken. Het nadeel van deze nieuwe elementen is dat ze niet echt geïntegreerd worden in de omgeving. Vooral de gaten in de muur zitten er overduidelijk als onderdeel van de puzzel en hebben geen nut in de context. Hierdoor voelen de omgevingen nog net iets meer voorbedacht aan, dan in de vorige twee delen al het geval is.

De opzet van The Two Thrones is een stuk rechtlijniger dan die van The Warrior Within. Daarin raakte je door het veelvuldig back tracken nog regelmatig de weg kwijt. In The Two Thrones hoef je praktisch nooit over hetzelfde pad terug te lopen, wat veel zinloos rondlopen bespaart. Toch is het spel naar onze mening net iets té rechtlijnig. Op elk punt in een puzzel is het slechts een kwestie van even rond kijken waar je naar toe kunt. Je hoeft niet verder te kijken dan je neus lang is in zo'n geval, want je hoeft niet te vrezen dat je de verkeerde kant op gaat. Het spel probeert je, op een enkele puzzel aan het einde van het spel na, eigenlijk nooit op het verkeerde been te zetten.

Gelukkig zorgt de introductie van de Speed Kills ervoor dat de puzzels toch wat meer diepgang krijgen. Een Speed Kill kun je uitvoeren wanneer je een tegenstander ongezien benadert. Door slim gebruik te maken van de omgeving, kun je vaak vlak boven hem zien te komen. Van daaruit kun je hem met een sierlijke sprong en enkele rake messteken, naar het hiernamaals sturen. Om op de juiste plek te komen voor een Speed Kill, is een mix van goed puzzelen en een juiste timing vereist. Lukt het niet, dan moet je op de klassieke wijze het gevecht aan gaan met je tegenstander, wat toch wat meer tijd en energie zal vergen. Soms is het van belang dat je een bepaalde tegenstander als eerste doodt, omdat hij versterking op kan roepen. Zomaar de eerste de beste Speed Kill uitvoeren die er mogelijk is, is dan niet altijd even verstandig.

De Speed Kill zorgt er eveneens voor dat de twee spelelementen waaruit Prince of Persia bestaat, het vechten en het puzzelen, met elkaar verenigd worden. Door goed te puzzelen ontloop je de gevechten; vecht je liever, dan hoef je niet te puzzelen. Ubisoft heeft er ook wijselijk voor gekozen om bij de Speed Kills geen gebruik te maken van ingewikkelde line-of-sight systemen. Wanneer je je simpelweg op een hoger niveau bevindt dan je tegenstander dan zien ze je niet. Een verademing ten opzichte van het frustrerende sneaken uit de Tenchu reeks, waar de Speed Kills op geïnspireerd zijn.