In de tekenfilmserie van Pokemon draait het om trainers die pokemon verzamelen en er gevechten mee voeren. In Pokemon Ranger: Shadows of Almia gaat het er iets anders aan toe. Hier is het de bedoeling dat je pokemon redt uit gevaarlijke situaties en ze niet gebruikt voor persoonlijk gewin.

Het spel begint op een school waar jonge mensen worden opgeleid tot pokemon ranger. Een van de eerste dingen die je op school leert, is hoe je pokemons moet vangen. Je doet dit door met je stylus voortdurend cirkels om een pokemon te tekenen. Je zult dit goed moeten leren, omdat je deze handeling nog veelvuldig zult toepassen in het spel.

Op school zul je van zowel leerkrachten als medestudenten opdrachten krijgen die je dient te voltooien. Deze opdrachten bestaan vrijwel altijd uit het vangen van een bepaalde pokemon. Na een aantal opdrachten ben je klaar op de school en word je bevorderd tot pokemon ranger. Vervolgens word je bij een groep ervaren rangers ingedeeld en behoor je tot hun eenheid. Je zult het als pokemon ranger aan de stok krijgen met de groep Dim Sun, een groep mensen die alles behalve het beste voor heeft met de pokemon. Zij zetten op verschillende plekken in de speelwereld Almia machines neer waar de pokemon erg onrustig van worden. Aan jou de taak om voor de pokemon op te komen.

In dit spel zijn er twee verschillende soorten opdrachten die je kunt doen. Ten eerste zijn er missies. Dit zijn opdrachten die voornamelijk door de leider van de eenheid worden gegeven. Je bent verplicht om deze missies uit te voeren, omdat het verhaal zich ontwikkelt aan de hand van deze missies. Doe je de missies niet, dan kom je geen steek verder in het verhaal. Ten tweede kun je ook 'quests' aannemen. Quests zijn opdrachten die je uit kunt voeren, maar die niet verplicht zijn voor de verdere verloop van de verhaallijn. Deze quests kunnen door iedereen gegeven worden. Als je een quest hebt gehaald, dan ontvang je een beloning. Met deze beloning ben je vaak iets beter beschermd tegen de aanvallen die pokemon op je uit kunnen voeren.

Quests zijn over het algemeen erg simpel. Een persoon maakt zich zorgen om een bepaalde pokemon in een bepaald gebied, jij wordt dan als ranger richting dat gebied gestuurd en dient de pokemon op te sporen en te vangen. De gebieden waarin je de pokemon moet zoeken, zijn vrij rechtlijnig. De meeste gebieden hebben maar een ingang en een uitgang. Dit zorgt ervoor dat het erg makkelijk is om de pokemon te vinden: je loopt namelijk gewoon van scherm naar scherm totdat je de pokemon ziet.

Men heeft geprobeerd om het vangen van de pokemon te variëren. Elke pokemon beweegt op een andere manier en heeft zijn eigen aanvallen. Sommige vallen alleen het gebied aan dat voor ze is, terwijl anderen een aanval uitvoeren die alles rondom de pokemon beschadigt. Het vangen van een pokemon doe je zoals eerder gezegd door het tekenen van cirkels om de pokemon heen. Als de aanval van een pokemon de getekende lijn raakt, dan verlies je energie. Het is natuurlijk de bedoeling dat je als speler rekening zou houden met de verschillende typen pokemon, maar dit is  slechts ten dele gelukt. Vaak genoeg kun je pokemon namelijk vangen door erg snel achter elkaar cirkels te tekenen, zonder rekening te houden met de aanvallen van de pokemon.

Missies zijn iets moeilijker en dat is te wijten aan een puzzelelement dat toegevoegd is. Maar echt uitdagend wordt het nooit. Meestal is het doel van een missie het vernietigen van een van de machines van team Dim Sun. Deze machines staan vaak achter bepaalde obstakels. Er bestaan verschillende obstakels die met behulp van aanvallen van pokemon weggehaald kunnen worden. Je bent dus voortdurend bezig om de juiste pokemon te vinden waarmee je een obstakel kunt weghalen. Vervolgens moet je bijvoorbeeld weer op zoek gaan naar een pokemon die net die aanval heeft waarmee de machine van Dim Sun kapot gemaakt kan worden. Hier zit een vrij grote herhalende component in.

Deze opzet zorgt ervoor dat je relatief lang bezig bent met het doorzoeken van een level om de juiste pokemon te vinden. Het gebeurt regelmatig dat er een paar dezelfde obstakels achter elkaar staan en dat er een flink aantal schermen terug een pokemon rondloopt die je nodig hebt om die obstakels weg te halen. Na elke keer dat je de aanval van de pokemon hebt gebruikt, wordt de pokemon vrijgelaten. Hierdoor word je gedwongen om herhaaldelijk heen en weer te lopen tussen de plek waar de pokemon rondloopt en waar het obstakel staat.

In Pokemon Ranger: Shadows of Almia is ook een RPG-element toegevoegd. Na elke keer dat je een pokemon vangt, ontvang je namelijk ervaringspunten. Na een bepaalde hoeveelheid ervaringspunten ga je een level omhoog. Je krijgt dan iets meer energie en wordt iets sterker, zodat je de verschillende pokemon sneller kunt vangen. Helaas heb je op deze ontwikkeling totaal geen invloed, in tegenstelling tot 'echte' RPG's. Daar heb je vrijwel altijd invloed op welke gebieden je karakter groeit. Dit zorgt er normaal gesproken voor dat je echt het idee krijgt dat je je eigen personage aan het ontwikkelen bent. Dat gevoel ontbreekt nu volledig.