De wat meer doorgewinterde GameCube gamer zal waarschijnlijk al wel bekend zijn met het concept van Pikmin, maar voor alle niet ingewijden onder ons volgt hier eerst nog even een korte uitleg. In Pikmin neem je de rol aan van Captain Olimar. Een minuscuul klein ventje, die op een grote onbekende planeet crashed, waarvan de lucht voor hem giftig is. Deze wereld doet nog het meest denken aan een doorsnee achtertuin, alleen dan vanuit het perspectief van een mier gezien. Om in deze wereld te kunnen overleven, vraagt Olimar om de hulp van de Pikmin. Dit zijn plaatselijke en vredelievende bewoners, die nog het beste te omschrijven zijn als een kleine bloem op pootjes, met gedragspatronen van een mier. Deze wezentjes kunnen allerlei taken uitvoeren en planten zich op een ingenieuze wijze voort door zaadjes van bloemen naar hun ruimtescheepjes te vervoeren. Uit deze zaadjes worden dan weer nieuwe Pikmin geboren.
Nou was het in het eerste deel de bedoeling om Captain Olimar van de voor hem giftige planeet te helpen ontsnappen door alle verloren onderdelen van zijn ruimteschip binnen een periode van vijftien gamedagen terug te brengen. In ruil daarvoor zou Olimar de Pikmin weer helpen bij hun overleving en voortplanting, door zich als tactisch leider te profileren. Hierin zat ook meteen het grootste euvel van de game. Je moest het spel namelijk hoe dan ook binnen die vastgestelde tijd voltooien. Dit beperkte niet alleen de totale spellengte, maar zorgde er ook voor dat je constant onder tijdsdruk speelde, waarbij er nauwelijks eens tijd was om alles rustig aan te doen. Uitdagend was het wel, maar toch beviel het veel mensen allerminst. Voor Pikmin 2 is het hele tijdsysteem uit de game uitgesloopt, wat de game al meteen een stuk plezieriger maakt.
Je bent in Pikmin 2 echter niet geheel van het eerste deel af, aangezien je weer terugkeert naar de vervaarlijke planeet. Zodra je namelijk retourneert naar Olimar's thuisplaneet, blijkt dat het bedrijf waarvoor hij werkzaam is, in diepe financiële schulden is geraakt door de lange afwezigheid van Olimar. Je baas stuurt je daarom terug naar de planeet waar je net met veel pijn en moeite van ontsnapt was, omdat veel voorwerpen daar een hoop geld waard blijken te zijn. Je gaat dit keer echter niet alleen op stap. Olimar krijgt namelijk nu support van jongeling Louie. Daarnaast krijgt hij een geheel nieuw ruimteschip mee met zoveel overlevingsvoorzieningen, dat je jezelf nooit zorgen hoeft te maken om de giftige lucht van die Pikmin planeet. Dat betekent dus op je dooie gemak die planeet verkennen en zoveel mogelijk schatten verzamelen om die kostenpost van 10.000 credits weg te werken.
De eerste twee veranderingen ten opzichte van deel één zijn nu dus al wel duidelijk. Geen tijdslimiet betekent oneindig lang kunnen doorspelen en verkennen, zonder enige druk buiten het veiligstellen van al je Pikmin bij zonsondergang. Dat veiligstellen is nu overigens een stuk gebruiksvriendelijker gemaakt. Het enige waar je nu voor hoeft te zorgen, is dat je alle Pikmin op de map onder je command hebt. Zodra de zon onder gaat zullen ze zich dan automatisch terug trekken in hun ruimteschip en samen met jou vlak boven de planeet gaan vliegen totdat de zon weer is opgekomen. Je hoeft ook niet langer te wachten voordat de dag voorbij is om naar andere gebieden toe te kunnen vliegen. Er bestaat nu namelijk de mogelijkheid om meteen naar zonsondergang toe te springen zodra je alle persoonlijke taken voor die dag volbracht hebt.