Phantom Brave is een typische Nippon Ichi game. Net als bij voorgangers La Pucelle Tactics en Disgaea: Hour of Darkne , kent het spel een isometrisch perspectief. Men legt de nadruk vooral op de gameplay in plaats van de graphics. De camera is in deze game volledig draaibaar en de omgeving is driedimensionaal, maar de karakters zelf zijn plat en vrij simplistisch geanimeerd. Buiten de grafische effecten die voortkomen uit speciale aanvallen, wordt er verder dan ook weinig van de PS2 hardware gevergd. Het heeft zeker een eigen stijl, maar wel eentje die je aan moet spreken.
Waar het in Phantom Brave vooral om draait, is de gameplay. Dat wordt door dit spel dan ook in grote mate geboden. Je beschikt over een thuisbasis waar je dingen kunt regelen zoals het aanmaken van meer karakters, het kopen van wapens en het genezen van wonden. Je slaat hier ook alle voorwerpen en wapens op en kunt voor een vaste inkomstenbron zorgen door handelsmensen in te zetten. Vanuit deze basis krijg je ook berichten binnen via een mailbox die je verwijzen naar verschillende landen welke je hulp nodig hebben bij een bepaald conflict. Hier reis je naar af om aldaar verschillende mi ies te volbrengen die in verhalende vorm aan elkaar geregen worden. Elke mi ie bestaat uit een turn-based gevecht met verschillende doelen die je moet volbrengen. Meestal behelst dit het verslaan van alle vijanden, of het lokaliseren van een bepaalde persoon of voorwerp.
De gevechten zelf zijn erg tactisch van opzet. Je hebt een slagveld tot je beschikking waar je karakters over kunt verplaatsen. De afstand die men kan lopen ligt aan de samenstelling van het terrein en de eigenschappen van het karakter. Zowel de ondergrond als de helling spelen hierin mee. Doordat het spel niet gebruikt maakt van een zogenaamd “grid” systeem, ben je compleet vrij in het rondsturen van je eenheden. Hetzelfde geldt voor het plaatsen van aanvallen. Hierin krijg je gedurende het spel steeds meer keuzes, waaronder speciale combinatieaanvallen. Veel aanvallen beslaan bovendien een bepaald gebied in plaats van dat ze één enkele vijand aanvallen. Tijdens het spel stijgen je karakters vanzelfsprekend in level, waardoor ze sterker worden en steeds meer mogelijkheden tot hun beschikking krijgen. Als iemand sterft, is degene wel te herrijzen, maar de kosten hiervan liggen aan het level waarop degene zich bevindt.