Na een spetterende intro, die een kleine samenvatting laat zien van het eerdere deel genaamd Shinobi, zie je Hibana in een kort filmpje op het dak van een flatgebouw staan, met uitzicht op de ondergaande zon. Na de opdracht te hebben gekregen om een aantal vijandige vliegtuigen uit te schakelen, zoeft ze letterlijk weg richting haar tegenstanders.
Hiermee kom je meteen in het eerste level terecht en dien je jezelf een weg te banen door de ma aal opkomende monsters, met aan het eind een baas. Is dit je gelukt, dan heb je het eerste level afgesloten en krijg je een scherm te zien waarop je net behaalde resultaten weergegeven staan. Op naar het volgende level!
In dit volgende level krijgt Hibana de opdracht het onbrekende stuk van het gestolen en vervloekte zwaard “Akujiki” terug te vinden. Als ze dit niet doet wordt de brug tu en de demonenwereld en onze wereld verbroken. Je kunt al raden dat dat niet goed is. Nu begint het verhaal op gang te komen en wordt het tijd om door de verschillende levels heen te hakken. Al deze levels bevinden zich op diverse locaties in modern Tokyo. De ene keer vecht je op grote hoogte en de andere keer zit je in het donker onder de stad.Aan het eind van elk level wacht er een gezellige eindbaas op je. Dit gaat meestal gepaard met een kleine conversatie scène en uitdieping van het verhaal.
Het grote pluspunt van deze game is het uitgebreide vechtsysteem. Er zijn enorm veel verschillende manieren om je vijand eens goed in mootjes te hakken. Zo kun je leuke combinaties maken door middel van te vliegen, te trappen, te hakken met je zwaard, het werpen van Shuriken (werpsterren), en ga zomaar door. En alsof dat nog niet genoeg is kan je ook nog krachtige Ninja-magie gebruiken waarmee je alle tegenstanders om je heen in een keer vermorzelt. Hiervoor moet je wel de nodige Ninja Scrolls verzameld hebben. Wel wil ik er wel op wijzen, dat voor je alles lekker in elkaar hakt je toch de benodigde beheersing moet hebben over de besturing.
Ook heeft Hibanan de mogelijkheid om op muren te lopen. Helaas kan dit nogal vervelend uitwerken in combinatie met het auto-lock mechanisme. Stel je voor je loopt op de muur om een zekere vijand, die in de lucht hangt, in stukken te hakken. Maar je hebt je “auto-lock” aanstaan, deze locked niet op de vijand die het dichtst in de buurt is, maar op de volgende willekeurige vijand, die niet altijd erg dichtbij staat. Het gevolg is dat je voor niks op die muur geklommen bent en continue mi laat. Bovendien kan dit auto-lock mechanisme ervoor zorgen dat de camera in een onmogelijke positie komt te slaan, of het verpest je ultieme combo. Het auto-lock systeem kan soms erg handig zijn, maar meestal is het verstandiger om deze uit te zetten. Al was het alleen maar om je zenuwen te sparen.