In Megaman X: Command Mi ion begin je als onze blauwe mechanische vriend X, een reploid die in naam van de regering samen met collega's Shadow en Zero, Giga City Island moet infiltreren. Ze moeten Epsilon, het brein achter een groepering genaamd The Rebellion, opzoeken en onschadelijk maken. The Rebellion is in opstand gekomen tegen de rest van de bewoners van Giga City en wil de macht overnemen. Taak voor X en zijn vrienden om hier een einde aan te maken. Een taak die de vrienden niet makkelijk wordt gemaakt, aangezien er een behoorlijke horde vijanden tu en hen en Epsilon instaan. Dit heeft natuurlijk een groot aantal gevechten tot gevolg. Naarmate het verhaal vordert zullen je objectives veranderen en zal de samenstelling van je groep ook anders worden. Maar laat ik daar maar niet teveel over loslaten, want een RPG valt of staat bij het verhaal.
In het begin van het verhaal is er nog erg weinig bekend van wat je capaciteiten zijn. Na wat rondlopen in een level kom je vanzelf een vijand tegen volgens het Random Encounter principe. Tijdens de eerste gevechten word je aan het handje genomen en krijg je te horen welke opties er te gebruiken zijn om de vijand te verslaan. Als eerste krijgen je team en de vijand om beurten de kans om een move te maken. De volgorde van wie aan de beurt is, is in een tabel te zien. Ook is daarin te zien hoeveel energie je teamgenoten en de vijand nog overhebben. Om de tegenstander te verslaan hebben alle teamgenoten verschillende unieke wapens tot hun beschikking. Dit zijn wapens welke na verloop van tijd te upgraden zijn naar sterkere varianten.
Daarnaast zijn er ook nog eens twee andere wapens toe te wijzen die naast het primaire wapen zijn te gebruiken in het gevecht. Het gebruik van deze wapens is echter beperkt, aangezien je een bepaalde hoeveelheid energie tot je beschikking hebt waar de secundaire wapens gebruik van maken. Het leuke hiervan is dat je tijdens één beurt verschillende combo's kunt maken voordat de WE (Weapon Energy) op is. Bovendien heeft elk persoon ook nog eens een Action Trigger die een groot deel van de WE opslokt, maar waarmee ineens een grote aanval ingezet kan worden. Daarnaast is het ook nog eens mogelijk om in Hyper Mode te gaan. In deze mode transformeren je teamleden, zodat er een soort van superversie ontstaat met grotere aanvallende- en verdedigende kracht.
Een soort van superaanval is ook nog eens mogelijk, wanneer je met je groep meer dan 75% schade toebrengt in de eerste beurt. In een zogenaamde Final Strike kun je de drie teamgenoten aanzetten tot een gecombineerde aanval, die vernietigende gevolgen heeft voor de vijand. Gecombineerd zijn al deze moves goed geïntegreerd en speelt het spel tijdens de gevecht sequenties erg lekker weg.
De animaties en vijanden zijn tijdens de gevechten top of the bill. Alle karakters zijn enorm mooi ontworpen en erg gedetailleerd. De mate van detail tijdens de gevechten is echter niet terug te vinden in een groot deel van de levels waar je doorheen loopt. Hoewel er soms leuke variaties in de futuristische en mechanische levels is te zien, zijn de meeste levels nogal lineair en monotoon opgebouwd. Dit voorkomt ook nog eens dat er geheimen zijn te ontdekken. Er is een grote kans dat alle upgrades die je aan je arsenaal kunt toevoegen wel tot je beschikking komen te staan. Upgrades in de vorm van Force Metal, die door de levels verspreid liggen, die ook al de vaardigheden van je teammembers verbeteren.