In tegenstelling tot wat veel mensen mi chien denken, is Jedi Academy niet een directe opvolger van Jedi Knight 2: Jedi Outcast. Je moet het meer zien als een spin-off van de Jedi Knight reeks. Dat is ook terug te zien in de engine, welke net als in JK2 de Quake 3 engine omvat. Toch is er rond deze spin-off een compleet eigen verhaallijn opgesteld. Je speelt in de game als Jaden; een student aan de Jedi Academy van Luke Skywalker, die voor zichzelf een lightsaber had gefabriceerd zonder enige hulp van The Force. Samen met z'n medestudenten en de indirecte hulp van Kyle Katarn en Luke Skywalker probeert hij een ondergrondse en rebellerende Sith cult op te doeken. Gedurende het verhaal blijkt echter ook The Remnant (overblijfselen van The Empire) een belangrijke vinger in de pap te hebben en lijkt er een groter complot achter het geheel te zitten.
Deze verhaallijn brengt je naar de meest uiteenlopende locaties, allemaal direct afkomstig van het uitgebreide Star Wars universum. Vaak kun je zelf bepalen in welke volgorde je bepaalde mi ies uit gaat voeren, wat je een iets groter gevoel van vrijheid geeft. Bovendien biedt de game je de mogelijkheid om voor één van beide kanten van The Force te kiezen gedurende het verhaal. Het leuke hieraan is dat je ook op locaties terecht komt uit de films, waaronder Echo Base op de sneeuwplaneet Hoth en de Jedi Academy op de bosplaneet Yavin 4. Al deze locaties zijn zeer authentiek uitgewerkt, wat je als speler echt die typische Star Wars feel geeft. Tevens zorgt het er voor dat de game je ook de nodige eastereggs en cameo's biedt. Zo zul je al vrij snel in de game op de vriendelijke Chewbacca stuiten, evenals de Millenium Falcon. Voor de echte fans van de franchise zijn deze momenten zeker om te smullen. Dit komt vooral ook door het feit dat ze vaak ook een rol binnen het plot spelen.
Nu je een beetje weet waar de game zo ongeveer om zal gaan draaien, is het natuurlijk wel zo belangrijk om te weten hoe je de game precies zal doorkruizen. In de basis moet je Jedi Academy zien als een FPS. Je bent gedurende de game een Jedi, wat vanzelfsprekend inhoudt dat je voornamelijk zult vechten met je lightsaber in 3rd person view. Er zijn gedurende de verschillende mi ies echter ook veel 'reguliere' wapens te vinden die allen vanuit een 1st person mode bediend worden. Alle wapens in de game zijn authentieke Star Wars schietijzers (zoals een Wookie Bowcaster en een Imperial Heavy Repeater), wat de herkenbaarheid van het geheel alleen maar ten goede komt. Ook de rest van de gameplay is het beste te vergelijken met een gemiddelde FPS game, met redelijk lineaire levels en verder weinig tot geen vernieuwende elementen.