Ground Control 2: Operation Exodus, vertelt het verhaal van de heldhaftige Captain Jacob Angelus, een soldaat vanaf kleins af aan en een echte fanatiekeling. Hij krijgt te maken met de in zijn nek hijgende Imperator Vlaana Azleea, de rechterhand van de keizer van het Terra keizerrijk, die de opdracht gekregen heeft om de laatste kolonie van de NSA onder haar macht te krijgen. Angelus gaat het gevecht aan, en zal veel moeten ondernemen om Vlaana Azleea niet haar zin te geven. Als speler sta je in de schoenen van Jacob Angelus en is het dus aan jou de taak om te zorgen dat niets zo verloopt als dat Vlaana, en dus de keizer, wil dat het verloopt. Dat is nog een flinke kluif waar je de nodige uurtjes voor nodig zult hebben.

Ground Control 2: Operation Exodus is allereerst een RTS game in hart en ziel. Maar zoals er in bijna alle genres wel verschillende types zijn, zo ook binnen het RTS genre en dus ook bij Ground Control 2. Ground Control 2 biedt de speler niet de standaard regels en eigenschappen die gelden bij een RTS game als bijvoorbeeld Command and Conquer of StarCraft, maar richt zich op totaal andere dingen. De meeste RTS games zijn base build games, de speler bouwt een basis en begint van daar uit een leger op te bouwen om de aanwezige vijanden het leven zuur te maken. In Ground Control 2, heb je geen basis, hoef je niets te bouwen en vul je jouw legers aan met behulp van een dropship. Wat in beide types RTS genres wel centraal staat is een inkomen. In Ground Control 2, draait alles om AP, ofwel Acquistion Points. Deze punten zijn een vast inkomen voor de speler en dit zal langzaam meer worden gedurende het spel. Als de speler een aantal units onder zijn controle heeft, worden de onderhoudskosten hoger en zullen er minder AP punten worden opgespaard. De snelheid waarmee de AP punten binnendruppelen is afhankelijk van het gebied dat de speler onder controlle heeft, en dat wordt bepaald door een aantal "Landing zones" en strategische punten, aangegeven met kleine of grote gekleurde circles op de minimap. Hoe meer van deze locaties je als speler onder controle hebt, des te meer AP er binnenstroomt. Ground Control 2: Operation Exodus is dus een mengeling van een aantal RTS types, waar vooral de nadruk op unit management ligt.