De speler kruipt in de rol van Edison Trent, een jonge man uit Bretonia die van huis vertrokken is in de hoop rijk te worden. Op het moment dat hij de deal bereikt denkt te hebben die dit zou moeten bewerkstelligen, wordt echter het station waar hij zich op dat moment bevindt, Freeport 7, op mysterieuze wijze verwoest. Als een van de weinige overlevenden van de ramp wordt hij naar Planet Manhattan in het New York System gebracht. Omdat zijn zakenrelatie zwaar gewond is besluit hij werk te zoeken en weet hij Jun'ko (Juni) Zane van de Liberty Security Force (de CIA van Liberty) te overtuigen om hem een baantje te geven. Ze weet ook een schip voor hem te vinden (uiteraard de meest waardeloze bonk roest) en vervolgens kan het avontuur beginnen. Na enkele routine opdrachten komen Trent en Juni er al snel achter dat er iets vreemds aan de hand is in Liberty, waarna het verhaal zich in de 13 story mi ions ontvouwt.
In Freelancer draait het, naast het traditionele redden van de mensheid, om het verdienen van geld. Zoals de titel al aangeeft ben je een freelancer, een onafhankelijk persoon die bij geen enkele factie is aangesloten. Geld verdienen kan je daardoor onder andere door mi ies uit te voeren voor een van de vele facties die de Sirius sector rijk is, door in asteroïde wolken naar grondstoffen te zoeken, door te handelen of door als piraat het universum onveilig te maken. Aan de hand van de acties verandert je reputatie in de Sirius sector. Reputaties kunnen behalve door het uitvoeren van mi ies en het neerschieten van schepen ook aangepast worden door hackers, die hiervoor wel een flinke som geld verlangen. Doordat de facties meestal bondgenoten en vijanden hebben, hebben je acties bovendien niet alleen invloed op je reputatie bij de betrokken factie, maar ook op je reputatie bij een aantal andere fracties.
In Freelancer wordt gebruik gemaakt van een level systeem. Elke keer dat de speler een story mi ion uitspeeld of een bepaalde persoonlijke waarde (het schip, de wapens en de cash van de speler gecombineerd) bereikt gaat de speler een level omhoog. Dit level bepaalt vervolgens de wapens en schepen die een speler kan kopen. Op deze manier probeert Digital Anvil er voor te zorgen dat de story mi ions uitdagend blijven, omdat de speler gezien zijn waarde zich een bepaald schip moet kunnen veroorloven, maar ook nog geen extreem sterk schip kan kopen wat de mi ie te makkelijk zou maken.