Na een aantal jaren radiostilte lijken er voor space-sim fans eindelijk weer betere tijden aangebroken. Na zes jaar ontwikkelingstijd is Freelancer eindelijk af en bovendien zijn de komende maanden veelbelovende titels als X2: The Threat en de Space MMORPG Eve Online te verwachten. Nu Digital Anvil dan eindelijk klaar is met de ontwikkeling van de meest ambitieuze space-sim ooit rest natuurlijk de vraag: kan Freelancer de belofte waarmaken? Freelancer speelt zich af in de verre toekomst in de Sirius sector. Toen de overwinning van de Eastern Coalition op de Western Alliance (beide bekend van Starlancer) vast stond, besloot de Alliance om vijf 'sleeper' schepen te bouwen. Aan boord van deze sleeper schepen had men een groot deel van hun bevolking ingevroren om deze richting de Sirius sector te sturen in de hoop dat ze daar een nieuw leven op zouden kunnen bouwen. Deze vijf sleeper schepen droegen de namen Liberty, Kusari, Rheinland, Hispania en Bretonia, genoemd naar de landen die ze gebouwd hadden. Tegen elke verwachting in wisten ze aan de Coaltition te ontsnappen en bereikten vier van de schepen Sirius. Na verloop van tijd ontstonden er vier grote machtsblokken, de houses Kusari, Rheinland, Liberty en Bretonia, vernoemd naar de sleeper schepen waaruit ze ontstonden.

De speler kruipt in de rol van Edison Trent, een jonge man uit Bretonia die van huis vertrokken is in de hoop rijk te worden. Op het moment dat hij de deal bereikt denkt te hebben die dit zou moeten bewerkstelligen, wordt echter het station waar hij zich op dat moment bevindt, Freeport 7, op mysterieuze wijze verwoest. Als een van de weinige overlevenden van de ramp wordt hij naar Planet Manhattan in het New York System gebracht. Omdat zijn zakenrelatie zwaar gewond is besluit hij werk te zoeken en weet hij Jun'ko (Juni) Zane van de Liberty Security Force (de CIA van Liberty) te overtuigen om hem een baantje te geven. Ze weet ook een schip voor hem te vinden (uiteraard de meest waardeloze bonk roest) en vervolgens kan het avontuur beginnen. Na enkele routine opdrachten komen Trent en Juni er al snel achter dat er iets vreemds aan de hand is in Liberty, waarna het verhaal zich in de 13 story missions ontvouwt.

In Freelancer draait het, naast het traditionele redden van de mensheid, om het verdienen van geld. Zoals de titel al aangeeft ben je een freelancer, een onafhankelijk persoon die bij geen enkele factie is aangesloten. Geld verdienen kan je daardoor onder andere door missies uit te voeren voor een van de vele facties die de Sirius sector rijk is, door in asteroïde wolken naar grondstoffen te zoeken, door te handelen of door als piraat het universum onveilig te maken. Aan de hand van de acties verandert je reputatie in de Sirius sector. Reputaties kunnen behalve door het uitvoeren van missies en het neerschieten van schepen ook aangepast worden door hackers, die hiervoor wel een flinke som geld verlangen. Doordat de facties meestal bondgenoten en vijanden hebben, hebben je acties bovendien niet alleen invloed op je reputatie bij de betrokken factie, maar ook op je reputatie bij een aantal andere fracties.

In Freelancer wordt gebruik gemaakt van een level systeem. Elke keer dat de speler een story mission uitspeeld of een bepaalde persoonlijke waarde (het schip, de wapens en de cash van de speler gecombineerd) bereikt gaat de speler een level omhoog. Dit level bepaalt vervolgens de wapens en schepen die een speler kan kopen. Op deze manier probeert Digital Anvil er voor te zorgen dat de story missions uitdagend blijven, omdat de speler gezien zijn waarde zich een bepaald schip moet kunnen veroorloven, maar ook nog geen extreem sterk schip kan kopen wat de missie te makkelijk zou maken.