Freaky Flyers laat je dus racen met vliegtuigen. Dit houdt in dat je je tegenstanders niet enkel vanaf opzij in kan halen, maar dat je er ook onderdoor of bovenlangs kan vliegen. Je vliegtuig is bewapend met een standaard machinegeweer waarmee je tegenstanders uit de lucht kan schieten. Mocht het hiermee niet lukken dan liggen er allerlei power-ups door de levels verspreid welke je een handje zullen helpen. Echt origineel zijn deze power-ups echter niet. Zo heb je raketten, homing mi iles, bommen, schilden en speed boosters tot je beschikking. Doch origineel of niet, ze doen in ieder geval hetgeen je ervan zou verwachten.

De parcours waardoor je vliegt zijn, net als in racegames, rondlopende banen waarop meestal meerdere laps gevlogen dienen te worden. Wel zijn de parcours in Freaky Flyers vaak erg breed opgezet waardoor er talloze verschillende routes te vinden zijn. Sommige hiervan zijn duidelijk te zien, voor andere speciale routes dien je eerst wat zoek of schietwerk te verrichten. Deze laatste zorgen dan meestal ook voor de grootste tijdswinst. De levels zijn kleurrijk ontworpen en zitten vol details. Ze variëren van besneeuwde landschappen tot een Arabische stad compleet met colo eum.

Het spel kent de standaard gamemodes die je van een racegame zou verwachten. Het belangrijkste hiervan is de adventuremode waarin je de parcours op volgorde dient af te werken om nieuwe levels te unlocken voor de andere gamemodes. Om te beginnen kies je een van de vele kleurrijke karakters die het spel te bieden heeft om vervolgens hiermee aan de start te verschijnen. Het is de bedoeling om steeds bij de eerste twee te eindigen, waarna je verder kan naar het volgende parcours.

Tijdens je race zijn steeds een zelstal mi ies te voltooien. In elk level zijn drie soorten mi ies altijd aanwezig: het pakken van een bepaald aantal objecten (welke zich aanpa en naargelang het thema van het level), het neerschieten van een bepaald aantal van je tegenstanders en het schieten van bepaalde targets welke in het level te vinden zijn. Wanneer je een van deze drie mi ies voltooid krijg je de mogelijkheid een tweede power-up te pakken zodat je meteen weer wat hebt om af te vuren wanneer je eerste 'out of ammo'is.

De andere drie mi ies zijn telkens verschillend per level en het voltooien van deze mi ies opent speciale boost highways ergens in het level, welke je de nodige tijdswinst geven. Het nadeel is dat de tegenstander net zo goed van deze highways profiteert, met het verschil dat hij zich niet eerst om een onzinnige mi ie heeft moeten bekommeren, variërend van het terugbrengen van een bigfoot naar zijn familie tot het uitschakelen van de gladiatoren in het colo eum.