Leo en Zuccho zijn de twee hoofdrolspelers van Everblue. In het eerste deel wisten ze nog een aantal mensen het leven te redden, maar die heldenstatus zijn ze in het vervolg al vrij snel kwijt. Ze besluiten op zoek te gaan naar een mysterieus tablet waar de vader van Leo, ook een duiker, vaak over gesproken heeft. Tijdens het zoeken naar dit voorwerp steekt er ineens een storm op waardoor Leo en Zuccho hun boot verliezen. Zelf spoelen ze aan op het Valencia Island, een tropisch eilandje. Op dit eiland ontmoeten de twee al snel een dame die onderdeel uitmaakt van de lokale duikvereniging. Ze helpt je een beetje op weg en uiteindelijk zal je zelf ook deel uit gaan maken van de 'Amigo's'.

Het spel bestaat uit twee onderdelen, het eiland en de onderwaterwereld. Het eiland is een statische omgeving met daarop simpel vormgegeven personen waar je mee een dialoog kan beginnen. Verder zijn er allerlei shops en andere faciliteiten aanwezig die je dient te gebruiken bij het oplo en van je quests. Op het eiland ontwikkelt het verhaal zich terwijl je onder water de opdrachten zal moeten vervullen. Deze opdrachten komen over het algemeen van de personen op het eiland af. Sommigen willen foto's hebben van bepaalde vi en, zoeken een schip of bepaalde voorwerpen die ze op zee verloren zijn en anderen willen foto's van het koraal. Het zijn niet echt heel erg afwi elende opdrachten, maar het verhaal dat er achter steekt is vaak toch weer compleet anders.

Zo heeft op een gegeven moment de moeder van één van de Amigo's pijnstillers nodig. De drugstore op het eiland heeft helaas niet alle ingrediënten, omdat de lading van het bevoorrading chip over boord geslagen is. Dit zal je dus zelf op moeten duiken. Nu je alle ingrediënten hebt kun je naar de 'mengshop' gaan om het juiste mengsel te laten maken. Maar zonder pasje wil de oude norse man aldaar je niet helpen. Gelukkig is er ook een vrouw in het dorp aanwezig die wel een pasje heeft, maar deze op zee verloren heeft. Aan jou de taak om het pasje terug te vinden zodat deze mevrouw voor jou de pijnstillers kan laten maken en het probleem opgelost is.

Wanneer je mensen geholpen hebt krijg je vaak een schelp met daarop hun naam, dit is een aloude traditie op het eiland. Het aantal schelpen is een soort van respectmeter. Daarnaast krijg je voor opdrachten vaak materialen of credits als beloning. Met deze credits kun je nieuwe duikuitrusting kopen waarmee je nog dieper het water in kan, sneller kan zwemmen of langer onder water kan blijven.

Naast de drugstore, waar je ook antigif kan kopen voor giftige vi en, zijn er zoals gezegd nog meer winkeltjes op het eilandje te vinden. Denk bijvoorbeeld aan een 'item shop', waar je gevonden items, nadat je ze hebt laten bekijken door de 'appraisal shop', kunt verkopen. Daarnaast is er een winkel om foto's te laten ontwikkelen, een hotel waar je kunt overnachten en tegelijk je zuurstof fle en weer vollaadt en nog een aantal andere bruikbare winkeltjes. Uiteraard gaat alles wat je doet wel van de credits af.