Er zijn voor de speler verschillende gamemodes beschikbaar. Allereerst zijn er 3 tutorials om de speler enigszins bekend te maken met de gameplay van Anno 1503. Daarnaast is er de campaign die uit 12 mi ies bestaat met uiteenlopende doelen als het stichten van een nederzetting, het vernietigen van een vijand en het verhandelen van een bepaalde hoeveelheid goederen. De laatste speelmode, waarin de speler het meeste tijd door zal brengen, is de sandbox mode. In dit geval kan de speler net zo lang doorspelen als hij zelf wil, in scenarios die verschillen in moeilijkheidsgraad, waardoor deze mode voor zowel de beginner als de zeer ervaren speler uitdagend blijft.
Je kolonisten zijn zeker geen gemakkelijke mensen die snel tevreden zijn. Hebben ze in het begin genoeg aan voedsel, huisvesting, de mogelijkheid om na het werk een biertje te drinken en op zondag naar de mis te gaan, naarmate je nederzetting zich ontwikkelt schieten deze eisen snel omhoog. Uiteraard willen je onderdanen onderwijs en ook verlangen ze steeds meer luxeproducten als tabak, specerijen en zijde. Als je er niet in slaagt om ze tevreden te houden zal je stad weer terrugvallen in ontwikkeling, en kan je dus weer opnieuw beginnen met je poging het volgende ontwikkelingsniveau te bereiken. Er zijn 5 verschillende ontwikkelingsniveaus, te weten Pioniers, Kolonisten, Burgers, Kooplieden en Aristocraten. De eerste 4 niveaus kunnen bereikt worden door in de wensen van de mensen te voorzien en de benodigde gebouwen te plaatsen, de huizen zullen automatisch evolueren mits je benodigde grondstoffen hebt. Voor het Aristocraten-niveau zal je echter speciale aristocratenhuizen moeten bouwen om deze personen te huisvesten. Op het gebied van eisen zijn deze lieden nog lastiger tevreden te houden, en bovendien een stuk minder vergevingsgezind, waardoor een klein foutje ertoe kan leiden dat een aristocratenwijk in ruïnes vervalt.
De centrale punten van je nederzettingen zullen je markthallen en pakhuizen zijn, waarin je je goederen opslaat voordat ze gebruikt, verkocht aan je burgers of verhandelt worden. Daarnaast bepaalt de invloed feer van deze gebouwen je territorium, en dus het deel van het eiland waar je andere gebouwen neer kan zetten. Huizen zijn er om je onderdanen te huisvesten, deze hebben een bepaalde capaciteit die met het ontwikkelen van je stad aanzienlijk zal groeien. Verder zijn er voor je stad nog vele openbare gebouwen beschikbaar, zoals de brandweer, dokter, universiteit, kerk, taverne en het badhuis. Daarnaast is er een grote verscheidenheid aan gebouwen die grondstoffen produceren, zoals houtvestershutten, steengroeves, mijnen en een grote hoeveelheid verschillende boerderijen en plantages. In hun ruwe staat zijn deze goederen echter meestal niet bruikbaar, en daarom zijn er verwerkingsgebouwen als steenhouwerijen, smeltovens, molens en brouwerijen nodig om de producten verkoopbaar te maken. Dit gebeurt vervolgens in de verscheidene marktkramen die voor dit doeleinde beschikbaar zijn. Doordat verschillende eilanden vaak geschikt zijn voor andere producten en andere grondstoffen is het vaak noodzakelijk om na verloop van tijd uit te breiden en ook elders nederzettingen te stichten.Omdat de Nieuwe Wereld over het algemeen niet het meest veilige gebied is en er behalve concurrerende nederzettingen ook nog de nodige piratenbendes actief zijn is het ook mogelijk om een bloeiende militaire industrie op te zetten. Je kan oorlog chepen op je werf bouwen en wapen- en harna meden zorgen ervoor dat je manschappen goed uitgerust worden. Deze kan je als je de beschikking hebt over voldoende wapens en harna en trainen in een fort, dat beschikbaar is in 3 verschillende maten. Ook kan je verdedigingswerken als muren, kanonnentorens en poorten bouwen. Omdat je vijanden dit ook kunnen en er natuurlijk een mogelijkheid moet zijn om deze verdedigingswerken te vernietigen kan je ook een verscheidenheid aan verschillende middeleeuwse belegeringswapens als mortieren en katapulten bouwen.