10 maart 2004. De CIA heeft contact opgenomen met het NSA vanwege het verloren contact met speciaal agent Alison Madison. Alison moest communicatie problemen binnen de voormalige Sovjet republiek Georgie in de gaten houden. Een tweede CIA agent wordt gestuurd, agent Blaustein, naar de hoofdstad T'bilisi om agent Madison te vinden, maar ook het contact met hem wordt verloren. Vrezend voor het leven van beide agenten besluit het Third Echelon Sam Fisher naar Georgie te sturen om de agenten te vinden en polshoogte van de situatie te nemen. Hier begint het verhaal van Sam Fisher en Tom Clancy's Splinter Cell.
Toch niet weer een Tom Clancy game?Ubi Soft wilde met Splinter Cell een console game maken welke zich rond het universum van Tom Clancy verhalen zou afspelen en tevens een nieuwe held zou introduceren. Om het geheel op zijn plek te laten komen verzon men een nieuwe dreiging waardoor de NSA een nieuwe eenheid moest oprichten, welke Splinter Cell werd. Het is dus geen tweede Rainbow Six of Ghost Recon. In Splinter Cell heb je alleen de beschikking over Sam Fisher en hij is dan ook degene die al het vuile werk moet opknappen.
Mensen die de demo niet gespeeld hebben verwachten waarschijnlijk dat Sam Fisher een soort Rambo is waar kogels vanaf ketsen en die in zijn eentje complete legers weet uit te schakelen, maar mensen die een virtuele versie van Sylvester Stallone zoeken moet ik teleurstellen. Splinter Cell gaat namelijk om het sluipwerk. Hoe minder doden des te beter. Toch heeft Sam een aantal leuke gadgets op zak om "lastige" problemen uit te schakelen. Zo beschikt hij over een speciaal pak, een nacht- en warmtekijker, een camera om onder deuren te kijken en nog een aantal andere gereedschappen die niet mogen ontbreken op de werkplek van een geheim agent. Als wapens mag Sam het Five-7 pistool met geluidsdemper en het F2000 multipurpose geweer gebruiken. De F2000 kan gebruikt worden om mee te snipen en bevat een granaatwerper. Hiermee kunnen rookgranaten, kleine camera's, electrische schokken en een ringvormig airfoil projectiel (een projectiel met hoge impact maar zonder penetratiekracht) worden afgevuurd.