The Godfather volgt niet, zoals iedereen mi chien had verwacht, het verhaal van de film. Natuurlijk zijn er beroemde scènes die zowel in de films als in het spel aanwezig zijn, maar dit wordt bekeken vanuit een ander oogpunt. Het karakter waarmee je speelt is het belangrijkste. Aan het begin van het spel kan een geheel nieuw personage aangemaakt worden, waarmee je de rest van het spel zult spelen. Dit karakter is tot in de kleinste details aan te pa en: van de breedte van zijn neusvleugels tot de grootte van zijn voorhoofd.
Het spel begint met een cutscene waarin verteld wordt hoe je vader afhankelijk was van de Corleone familie, iets dat je ouders uiteindelijk fataal wordt. In het filmpje dat hierop volgt wordt duidelijk gemaakt hoe jezelf in aanraking komt met één van de grootste maffiafamilies in New York. Tijdens dit filmpje wordt het karakter Luca Brasi aan je voorgesteld, de welgevormde hulp van Corleone die menig kijker van de film vast nog wel kent. Luca Brasi zal je dan ook helpen door de eerste trainingsmi ies, die je introduceren in de duistere praktijken van 'the family'.
Deze trainingsmi ies zal iedere beginnende Godfather-speler zeker nodig hebben, aangezien de besturing niet echt logisch is. Het is duidelijk te merken dat de manier van vooral het vechten, ontwikkeld is voor de consoles. Wanneer er gevochten wordt, moet je op je rechtermuisknop drukken om je tegenstander te locken in je vizier, waarna je hem met je linkermuisknop vastpakt. Wil je je tegenstander daarna een flinke klap verkopen, dan moet je je muis naar achteren en naar voren halen, alsof je dus je eigen vuist naar achteren en naar voren haalt. Dit klinkt op papier al behoorlijk ingewikkeld, maar in een spannend gevecht op leven en dood, is dit nog veel complexer. Het is duidelijk dat EA geen standaard besturing wilde en iets nieuws moest bedenken, om van een vernieuwing te kunnen spreken. Helaas werkt dit op een PC voor geen meter.
Man tegen man gevechten zijn bij The Godfather een erg belangrijk onderdeel. Er zijn veel verschillende mogelijkheden waarop je je tegenstander dwars kunt zitten. Natuurlijk werkt dit ook omgekeerd. Je tegenstander zal regelmatig een vuist in de richting van jouw wonderschone porem zwaaien, wat je met een simpele blokbeweging teniet kunt doen. Het makkelijkste is om simpelweg je tegenstander vast te pakken, waardoor een keur aan nieuwe mogelijkheden voor je ligt. Zo is het verschrikkelijk leuk om je tegenstander via een zijwaartse beweging met zijn hoofd tegen een muur, tafel of grafzerk te beuken. Ook is er de mogelijkheid om je tegenstander te wurgen of zijn nek te breken. Omdat de man tegen man gevechten vaak te moeilijk zijn om met de muis goed uit te voeren, gebruik je als speler de vastpak-en-wurg-techniek vaker dan daadwerkelijk te vechten.