Het Global Liberation Front is er opuit om de regeringen van de rijke en ontwikkelde landen te vernietigen, waardoor er totale chaos ontstaat in de wereld. Om dit doel te bereiken is de GLF van plan om een nanotech virus in te zetten bij een NAVO-top in Spanje, om zo alle regeringsleiders in een klap te doden. Natuurlijk wordt Team Rainbow ingezet. Normaal zou dit een eitje zijn voor Team Rainbow, maar de terroristen van het GLF zijn gehaaid en tot de tanden bewapend. Daar komt nog eens bij dat zij dezelfde tactieken gebruiken als Team Rainbow, waardoor de anti-terreureenheid al snel het nauw in wordt gedreven. Als er leden van het team gepakt en gemarteld worden, verandert deze anti-terreur actie al snel in een vergelding van de kant van Team Rainbow…
In de singleplayermode van Rainbow Six: Lockdown kun je kiezen uit twee speelbare characters: de Amerikaan Ding Chavez en de Duitser Dieter Weber. Deze twee characters geven twee hele verschillende gameplay mogelijkheden aan de mi ies. Kies je Ding, dan ben je teamleider van je Rainbow squad, maar speel je als Dieter, dan neem je de rol aan van sniper en moet je de rest van het team proberen dekking te geven door van een afstand terroristen uit te schakelen voordat ze een gevaar kunnen vormen voor het team. Tijdens het uitvoeren van je mi ie komen er steeds nieuwe objectives bij. De mi ies zijn verdeeld over zo'n zestien levels die je van Pretoria (Zuid-Afrika) tot Menorca (Balearen, Spanje) brengen. Tu endoor zul je ook een, door het GLF ingenomen, politiebureau in hartje Amsterdam moeten ontzetten.
De game is ontwikkeld met de PS2 in het achterhoofd, zodat deze versie behoorlijk goed mee kan komen met de Xbox versie. Een kleine vergelijking: elke character in de PS2 versie van Rainbow Six: Lockdown is uit meer polygonen opgebouwd dan de characters uit Rainbow Six 3 voor de Xbox. De Xbox maakt dan weer gebruik van grafische trucjes als “
Moving Dynamic lights with shadows” en “Detail Texturing”. Je speelt de game door een soort van veiligheidsbril, waarvan de doorzichtigheid bepaald wordt door een aantal weerseffecten. De tegenstanders in Rainbow Six: Lockdown zijn onderhevig aan de zwaartekracht en de zogenaamde Rag Doll effecten, dankzij de Havoc physic engine.