Grootvader ontvangt je met open armen. In de echte wereld krijgt hij al snel een heel ander model aangemeten.

Stel dat je opgroeit in een omgeving en in een cultuur waar je totaal geen waarde aan hecht. Het geloof en waar je medemensen voor staan zal je aan je reet roesten en je voelt je opgesloten en misbruikt in het reservaat waar je in woont. Als je jezelf dat kan voorstellen, weet je ongeveer wat de anti-held van Prey, Tommy genaamd, dagelijks door maakt. Tommy is van Indiaanse afkomst en gelooft niet in de mystieke krachten van zijn voorouders. Hij doet er alles aan om maar niets te maken te hebben met al die onzin en leeft daardoor bijna buitengesloten van de andere Indianen in het reservaat. Het liefste vertrekt hij uit het reservaat om een eigen toekomst op te bouwen. Zijn grootvader en zijn vriendin Jen, omarmen de mystieke cultuur van de Cherokee echter wel, maar geven Tommy alle ruimte om er ooit zelf eens achter te komen wat dit voor hem kan betekenen. Op een heldere avond, net op het punt dat Tommy het reservaat wil gaan verlaten, gaat het mis. Als hij in de bar van zijn vriendin met zijn grootvader in conflict raakt zuigt een groot buitenaards schip hem, Jen, zijn grootvader en een groot stuk van de bar op in een grote blauwe straal.

Via de spiritmode kom je nog eens ergens. Probleem is dat je lichaam onbewaakt achter blijft.

Na een tijdje ontwaak je als speler in het lichaam van Tommy. Je komt tot de ontdekking dat je net bent opgezogen in een reusachtig groot ruimteschip waar jij, je vriendin, je grootvader en vele andere geketend worden afgevoerd via een elektronisch rail ysteem. Het geschreeuw uit de gangen verderop verraadt al weinig goeds en als je er dan eindelijk achterkomt dat de mensheid dient voor snackfood, volgt een ontploffing waarbij Tommy met railkarretje en al naar beneden stort. Jen en zijn grootvader verdwijnen beiden verder het schip in en Tommy maakt de keuze achter zijn geliefde en opa aan te gaan. Hier krijg je als speler controle over Tommy en begint je avontuur vol aliens, portals, zwaartekrachtregelaars en een schip dat zelfstandig kan denken.