Gebruikers kunnen het Save Data Update Channel for The Legend of Zelda Skyward Sword-kanaal vinden in het Wii-winkelkanaal. Wanneer ze het kanaal installeren, opstarten en de aanwijzingen op het scherm volgen, wordt hun savebestand hersteld. Daarvoor moet het savebestand wel op de Wii zelf staan, het werkt niet als het bestand op een SD-kaart staat.

The Legend of Zelda: Skyward Sword heeft een bug die ervoor kan zorgen dat gamers niet verder kunnen spelen. De bug doet zich voor in de quest Song of the Hero. Wanneer spelers eerst het desert-gedeelte van de missie uitvoeren en daarna twee keer spreken met het personage Golo the Goron, treedt de bug op. Door eerst een ander gedeelte van de missie te doen of niet meer dan één keer met Golo the Goron te spreken, kunnen spelers voorkomen dat ze met de bug te maken krijgen.