Yakuza: Dead Souls speelt zich af in april 2011. Het Kamurocho-district van Tokyo wordt plotseling overspoeld door zombies. De Japanse Self-Defense Force sluit de gehele buurt af en iedereen die niet op tijd is ontsnapt, moet zichzelf verdedigen. Een aantal bekende figuren als Kazuma Kiryu, Ryuji Gouda, Goro Majima en Shun Akiyama zijn nog wel aanwezig en zullen moeten vechten voor hun leven. Dead Souls verscheen eerder al in Japan, na eerder uitgesteld te zijn vanwege de aardbeving en tsunami die het land maart vorig jaar troffen.