In Wario: Master of Disguise steelt de kwaadaardige snorremans de "Goodstyle" staf om zo de ster van een tv-show te worden. Dankzij deze staf kan Wario zich in verschillende outfits hijsen, zoals dief Wario, kosmische Wario en draak Wario.
De rechtmatige eigenaar van "Goodstyle", Count Camoli, zit echter achter Wario aan om de staf terug te krijgen. Wario zal daarom door allerhande gebieden moeten reizen om alle zeven outfits te krijgen om het op te nemen tegen Camoli.