Prototype is een nieuwe free-roaming actiegame waarin je vecht tegen vreemde wezens in de straten van New York City. De hoofdrol is weggelegd voor Alex Mercer, een man met een generieke naam, maar geen generieke mogelijkheden. Hij kan namelijk de vorm aannemen van iedereen die hij tegenkomt, en daarmee ook hun unieke mogelijkheden aannemen. Op de screenshots hieronder zien we alvast een aantal van zijn vormen, en de kunstjes die hij uitvoert.