Hij zou overleden zijn aan de gevolgen van een longontsteking. Yamauchi begon in 1949 bij het bedrijf en maakte zich hard voor Nintendo's vernieuwde focus van Japanse speelkaarten naar digitale games. Hij was verantwoordelijk voor het aannemen van ontwikkelaars als Mario-bedenker Shigeru Miyamoto en GameBoy-bedenker Gunpei Yokoi.

Tegelijkertijd stond Yamauchi bekend als een trots man die niet snel van zijn mening of strategie afweek. Dit droeg er aan bij dat er rond de release van de Nintendo 64 spanningen ontstonden tussen Nintendo en andere uitgevers. In 2002 droeg hij zijn functie als president van het bedrijf over aan de huidige president, Satoru Iwata.