Het verhaal van de game speelt zich af voor dat van Batman: Arkham Asylum en Arkham City en draait om Batmans eerste ontmoeting met de Joker. Batman richt in het spel samen met onder andere Wonder Woman, Superman en Green Lantern de Justice League of America op.

Volgens Variety wil uitgever Warner Bros. met deze game de Justice League of America meer bekendheid geven alvorens een film te maken die om deze groep superhelden draait. De uitgever hoopt in 2015 met een Justice League-film het succes van The Avengers te kunnen evenaren.