In Edge of Time spelen twee verschillende Spider-Mans de hoofdrol. Zij bevinden zich ieder in een andere tijd, maar kunnen elkaars wereld wel beïnvloeden. De Spider-Man in het heden moet bepaalde zaken afhandelen om te voorkomen dat de toekomst er grimmig uit komt te zien. Ook zijn eigen leven staat in dat toekomstbeeld op het spel. Edge of Time komt ruim een jaar na het vorige deel, Shattered Dimensions, dat ook om verschillende versies van Spider-Man draait.