De speler kruipt zowel in de huid van Amazing Spider-Man als in die van Spider-Man 2099 en speelt zodoende in twee verschillende periodes waarin hij een verstoring in de tijdstroom moet verhelpen. De vroegtijdige dood van de Peter Parker uit de Amazing Spider-Man-serie zorgt namelijk voor een catastrofale toekomst voor Spider-Man 2099. Gebeurtenissen in het verleden zullen daarbij van invloed zijn op de gameplay in de levels in de toekomst.

"Bij Beenox luisteren we altijd naar de fans en zoeken we naar nieuwe, creatieve manieren om de gameplay interessant te houden", zegt Dee Brown, studiohoofd van Beenox. "In Spider-Man: Edge of Time creëren we in samenwerking met Peter David een verhaal met een sfeer van haast en grote risico's waarbij de tijd je grootste vijand is en het lot van Spider-Man op het spel staat." Peter David is schrijver en mede-bedenker van de comic-reeks Spider-Man 2099.