Om ervoor te zorgen dat Port Royale 2 niet voor 95% identiek is aan zijn voorganger, wat met het derde deel in de Partrician reeks het het geval was, heeft Ascaron besloten om een groot deel van het spel grondig te herzien. Het meest opzienbarende is de sterke 3D engine die men in het leven geroepen heeft om de zeegevechten weer te geven. Zowel op het dek als met kanonnen vindt er een heftig gevecht plaats, dat met explosies, opspattend water en zwaardengekletter weergegeven wordt. Het landelijke deel van het spel zal nog wel met een 2D engine weergegeven worden. Port Royale biedt een compleet non-lineaire spelopbouw en laat zijn eigen handelsimperium opbouwen in de zeventiende eeuw.