The Mercenaries 3D draait om de Mercenaries-modus die eerder al in Resident Evil 4 en 5 was terug te vinden. In zo kort mogelijke tijd moeten spelers zoveel mogelijk zombies afmaken, zonder hun multiplierbonus te verliezen. De 3DS-versie van de modus kent zowel omgevingen afkomstig uit deel 4 als uit deel 5, voegt nieuwe speelbare personages toe en ook aanvullende spelmodi. Bij het spel wordt een demo geleverd voor het nog te verschijnen Resident Evil: Revelations, dat gedeeltelijk terugkeert naar de traditionele Resident Evil-gameplay.