Bezitters van de Blackwatch Collector's Edition ontvangen gratis het downloadbare contentpakket Colossal Mayhem, de soundtrack op cd, een gebonden boek met schetsen van de game, de digitale strip Prototype: The Labyrinth en een waardebon waarmee gamers twintig procent korting krijgen in de Prototype Merchandise Store.

Ook bevat de Blackwatch Collector's Edition dezelfde extra content als de Radnet Edition. De Radnet-editie, die de standaardeditie van de game vervangt zolang de voorraad strekt, bevat 55 stuks content die in de zeven weken na de release van Prototype 2 (op 24 april) worden vrijgegeven. Hieronder bevinden zich in-game evenementen, uitdagingen, avatarvoorwerpen, dynamische thema’s, video’s en bonusmutaties voor de game.