In de verhaalmodus van Port Royale 3 kunnen spelers aan de slag als avonturier of als handelaar. De game speelt zich af in de 17e eeuw, toen Spanje, Engeland, Frankrijk en Nederland de wereldzeeën bevoeren, landen binnenvielen en koloniën vestigden.

Het derde deel in de Port Royale-serie heeft ook een Free Play-modus, waarin spelers zowel de activiteiten van de avonturier als die van de handelaar kunnen ervaren. Op de Gamescom-beurs, die later deze maand in Keulen plaatsvindt, is de game voor het eerst speelbaar.