In de game besturen spelers kleine plantmannetjes, Pikmin, die door verschillende levels moeten worden geleid en voorwerpen moeten verzamelen. Er zijn verschillende soorten Pikmin met elk een eigen specialiteit. Nieuw is de Rock Pikmin, een steenachtige variant waarmee glas en andere harde objecten gebroken kunnen worden. 

De game kan op verschillende manieren gespeeld worden, waaronder met de Wii-Nunchuk. Daarnaast is er een stand waarin op het televisiescherm de actie wordt getoond en de Wii U Gamepad een overzichtskaart toont. Een derde optie is om de game volledig op de Wii U Gamepad te spelen. Daarbij wordt de game gespeeld vanuit een vogelperspectief.