De zogeheten Permadeath-optie betekent dat wanneer personages doodgaan, ze ook voor de rest van het spel niet meer beschikbaar zijn. Dit was eerst standaard de regel in Fire Emblem-games, maar in de game voor DS konden spelers er ook voor kiezen om het uit te zetten. Ook de 3DS-titel bevat deze mogelijkheid.

Fire Emblem 3DS bevat verder veertig verschillende klassen en drie soorten moeilijkheidsgraden: normal, hard en lunatic. Onlangs werd ook aangekondigd dat spelers in Fire Emblem Awakening de mogelijkheid krijgen om een eigen personage te creëren. Ook biedt het nieuwe Dual-systeem de optie om twee personages die naast elkaar op het slagveld staan elkaar te laten assisteren. Wanneer Fire Emblem voor 3DS in Europa verschijnt, is nog niet bekend, in Japan verschijnt de game halverwege april.