Spelers van Yakuza 3 hebben een lijst opgesteld van zijmissies die volgens hun zijn weggehaald. Zo zijn er uit hoofdstukken drie en vier alleen al negen van de veertig beschikbare zijmissies verwijderd. Hoeveel in latere hoofdstukken is weggehaald, is nog onbekend.

Minigames

Eerder werd al gemeld dat er verschillende minigames waren weggehaald, zoals een quiz over de Japanse geschiedenis en een Hostess Club waar mooi dames hun zakelijke klanten verwennen. Sega gaf aan dat de minigames waren weggehaald vanwege het strakke productieschema om Yakuza 3 op de Westerse markt uit te brengen. Hierdoor was het volgens Sega onmogelijk om niet bepaalde zaken uit de game te knippen. Het zou hier vooral om zaken gaan die onlosmakelijk verbonden zijn met de Japanse cultuur en die bij Westerse gamers minder in de smaak zouden vallen.