Tri Force Heroes speelt zich volgens Nintendo af na A Link Between Worlds, ver weg van Hyrule. Een van de speelbare Link’s in Tri Force Heroes, is dezelfde Link die spelers besturen in A Link Between Worlds.
De verschillende tijdlijnen zijn ontstaan rond de verhaallijn van Ocarina of Time, waarin Link door de tijd reist. Hiermee creëert hij, aan het einde van het spel, verschillende tijdlijnen. De Ocarina of Time-tijdlijn start met The Legend of Zelda: Skyward Sword en vervolgt na Ocarina of Time met Majora’s Mask en Twilight Prince . De laatste tijdlijn bevat The Legend of Zelda: Wind Waker.
Het is niet duidelijk waarom Tri Force Heroes nu is toegevoegd aan de tijdlijn. Gespeculeerd wordt dat dit invloed heeft op de nieuwe Zelda-titel voor de Wii U en de positie van deze game in de tijdlijn. The Legend of Zelda: Tri Force Heroes is beschikbaar voor Nintendo 3DS.