Tijdens het spelen van verscheidene games is het bij meerdere spelers voorgekomen dat de 3DS vastloopt en een foutmelding toont. Door het apparaat te resetten werkt hij weer. Nintendo raadt gebruikers aan om direct na het aanschaffen van een Nintendo 3DS de nieuwste firmware te downloaden. Als het probleem daarna nog steeds herhaaldelijk voorkomt, kunnen klanten contact opnemen met de klantenservice van Nintendo.
Hoofdpijn
Ook zijn er meldingen van spelers die hoofdpijn krijgen van het 3D-effect op de Nintendo 3DS. Hierover zegt Nintendo het volgende: "We hebben de Nintendo 3DS op meerdere evenementen over de hele wereld getoond aan letterlijk duizenden mensen en hebben zeer weinig negatieve reacties gehoord. Net als met alles waarvoor je moet focu en, van lezen tot het kijken naar een computerscherm, regelmatige pauzes worden altijd aangeraden."
"Bij alle soorten 3D-beelden (televisie, film et cetera) kunnen sommige mensen kleine ongemakken ervaren. Deze effecten zijn van korte duur en hebben geen blijvend effect. De meeste mensen kunnen doorspelen na een korte pauze. De Nintendo 3DS is ontworpen met een 3D-diepteknop waarmee gebruikers het 3D-effect zo kunnen aanpa en op een manier die ze het beste past voor optimaal plezier."