Slachtoffers van Ryu Hayabusa gaan nu vaker om hun leven smeken en geven de speler redenen waarom ze gespaard zouden moeten worden. Hayashi legt uit dat deze nieuwe aanpak niet in strijd is met het typerende geweld waar vorige delen bekend om staan: "We houden de moordstijl maar willen ook een ander heel belangrijk aspect benadrukken, ontmaskering. Het masker [van Ryu] is een metafoor. Met het masker op is hij een moordenaar, maar wanneer hij dit afzet, dan toont hij zijn innerlijk."
Ninja Gaiden 3 bevat verder een nieuwe makkelijkere speelmodus, waarbij de speler op het gebied van ontsnappen en verdedigen hulp van de computer krijgt. Hayashi wil daarneest ook de lastigere moeilijkheidsgraden behouden. "Wat de oude spellen succesvol maakte was de moeilijkheidsgraad. We willen het bereik vergroten door gamers laten zien wat Ninja Gaiden te bieden heeft, maar wel met behoud van de beruchte moeilijkheidsgraden bedoeld voor veteranen."