Hideo Kojima heeft op de TGS bekend gemaakt dat MGS3: Subsistence, zal bestaan uit drie cd's. Een subsistence, een persistence en een existence cd.

De subsistence cd zal bestaan uit een aangepaste versie van het origineel. In deze versie kun je o.a. zelf het camerastandpunt bepalen (de 'vaste' camerastand was soms storend in het origineel) en kun je gebruik maken van meerdere soorten camouflage en face paints. Naaste deze opties zullen er volgens Kojima nog meer extra's inzitten, waaronder in ieder geval een 'theatre-mode', waarin je alle cutscenes van het spel kunt bekijken.

Op de persistence cd zal het belangrijkste bonusmateriaal komen te staan, waaronder een (gratis) online-multiplayer mode waarin maximaal acht spelers het tegen elkaar op kunnen nemen. In deze multiplayer zullen alle voorwerpen van de singleplayer mode ook gebruikt kunnen worden en zal de gameplay ook redelijk gelijk zijn (denk aan kartonnen dozen). Op de derde cd, de existence cd, vind je een aan elkaar gebreide film van MGS3 cutscenes. Volgens Kojima hebben lang niet alle spelers het spel kunnen voltooien en is dit dus de kans om het geheel, als een echte film, te ervaren.