In het jaar 2027 hebben grote bedrijven meer geld en macht dan wereldregeringen. Mensen die het zich kunnen veroorloven schaffen cybernetische implantaten aan om hoger in de gemeenschap te staan.
De onderzoeksafdeling waar Adam Jensen werkt, wordt compleet uitgemoord door een speciale commando-eenheid. Al snel wordt duidelijk wie er achter deze brute moord zit en waarom, maar dan beginnen de problemen pas echt.
Je zult regelmatig terugkomen in het appartement van Adam, waar foto's, een dagboek en andere herinneringen uit het verleden te vinden zijn. Vrouwen zullen een grote rol in het verhaal spelen. Sommige ken je al langere tijd, andere zullen je proberen te verleiden of zullen je verraden, allemaal afhankelijk van je vorige acties. Eindbazen zullen ook aanwezig zijn en hun moeilijkheidsgraad zal afhangen van je voorgaande acties.
Geheime genootschappen zijn marionetten in de handen van een geheimzinnig figuur die de markt, de gemeenschap en de menselijke evolutie over wilt nemen. De gebeurteni en in het spel zullen je leiden naar het UNATCO-gebouw. Verderop in het spel zal er een reddingsoperatie zijn over de hele wereld.
De kunstmatige intelligentie zal teamgericht zijn met een duidelijk aanwijsbare leider.