In de game is het mogelijk om op ieder moment via een drop in, drop out-systeem de strijd te betreden of te verlaten. De coöperatieve modus wordt momenteel getest in Napoleon: Total War's voorganger Empire: Total War, zodat de modus getest en wel geïmplementeerd kan worden in de spin-off. 

Waterloo

In Napoleon: Total War nemen spelers de rol aan van de Franse generaal Napoleon Bonaparte. De game is verdeeld in drie campagnes. Het begint in Italië en Egypte, vervolgens trekt het spel door naar Moskou waarna het afsluit met Napoleon's grootste slag, de Slag bij Waterloo.