Deze twee modi heten respectievelijk Clan Battle en Battle Royale. Binnen de modi zijn punten te verdienen door kills te maken. Er zijn ook specifieke opdrachten om extra punten te verdienen, zoals het maken van een 'ghost kill', het zo stil mogelijk afmaken van een tegenstander. 

Team Ninja-baas Yosuke Hayashi zei eerder dat de keuze om een multiplayer-modus toe te voegen aan Ninja Gaiden 3 gebaseerd is op zijn positieve ervaring met de multiplayer van Assassin's Creed: Brotherhood. Ninja Gaiden 3 verschijnt in maart voor Xbox 360 en PlayStation 3, gevolgd door een Wii U-versie. Wanneer laatsgenoemde verschijnt, is nog niet bekend.