De multiplayermodus geeft spelers de optie elkaars basissen te infiltreren. Elke speler kan zijn of haar basis, de Mother Base genoemd, zelf aanpassen. De basis biedt opslag voor grondstoffen en kan verbeterd worden door met in-game valuta een opwaardering aan te schaffen.

De multiplayermodus werd vorige week op Gamescom al achter gesloten deuren getoond aan een selectie van de aanwezige pers.