Tijdens de laatste fases van ontwikkeling ontving het team een fax van Miyamoto waarin hij zijn zorgen voor de game kenbaar maakte.
Het eerste punt uit het verzoek van Miyamoto was dat het geweld te gruwelijk was. Het tweede en meest belangrijke punt was het einde van de shooter, deze was te tragisch. Een voorstel van Miyamoto was dat James Bond de verslagen vijanden uit de game in het ziekenhuis zou opzoeken en hen de hand zou schudden, om aan te geven dat de vijanden nog leefden.
Beide verzoeken werden door Hollis afgeslagen. Wel werd er een aftiteling met de namen van de acteurs toegevoegd om duidelijk te maken dat GoldenEye een fictief product betrof en er geen doden zijn gevallen bij het maken van de game.
GoldenEye was één van de meest succesvolle games op de Nintendo 64 en was er mede verantwoordelijk voor dat shooters op consoles populair werden. Rare maakte daarna geen shooters rondom de beroemde geheim agent meer. Wel werkte het aan een eigen shooter, Perfect Dark. Een prequel op die shooter met de naam Perfect Dark Zero verscheen met de lancering van de Xbox 360.