Met mods kunnen spelers hun eigen aanpassingen en toevoegingen maken aan het spel. Wanneer een speler een mod wil ontwikkelen moet hij een gratis licentie aanvragen bij ontwikkelaar Mojang. De studio geeft dan de code waarmee het spel gemaakt is vrij. Persson garandeert dat mod-ontwikkelaars te allen tijde kunnen beschikken over de nieuwste versie van deze code.

Tevens krijgen ontwikkelaars een uniek certificaat die aan spelers toont dat de mods van die ontwikkelaar betrouwbaar zijn. Mojang heeft echter het recht om ideeën uit andere mods in Minecraft zelf te implementeren, om "te vermijden dat we bepaalde dingen niet kunnen toevoegen, omdat een mod het al doet".

Regels

Persson en zijn team hebben een aantal regels opgesteld voor mod-ontwikkelaars. Zo is het niet toegestaan om met de code mods te maken voor andere spellen dan Minecraft; is de verkoop van een mod niet toegestaan tenzij er een aparte licentie wordt aangevraagd bij ontwikkelaar Mojang en mogen de mods niet schadelijk zijn.

Volgens Persson is het mogelijk dat er in de toekomst een mod-marktplaats wordt opgericht waar ontwikkelaars hun creaties kunnen verkopen aan spelers. Tevens bestaat er de mogelijkheid dat Mojang goede mods zal willen kopen van diens ontwikkelaar.